现代刺客组织联络正在使用基因记忆追溯软件“Helix”的玩家，要求进入活跃于工业革命晚期两位英国孪生刺客的记忆，从而比跨国制药公司Abstergo（现代圣殿骑士团）抢先取得位于伦敦的“第一文明”遗物“伊甸碎片”。

1868年，英国刺客组织已近灭绝，首都伦敦被圣殿骑士团和黑帮组织“暴徒帮”全面控制。刺客姐弟雅各和伊薇于克劳利各自刺杀了骑士团工业家卢波特·费里斯与科学家大卫·布鲁斯特后前往伦敦，在印籍刺客亨利·葛林安排下按各自的方式解放城市：雅各欲成立帮派“黑鸦帮”对抗暴徒帮和刺杀各骑士团要员；伊薇则欲找寻先父追寻的伊甸碎片。

雅各先后刺杀医生约翰·艾略森、交通公司总裁珀尔·爱德威、银行家菲利普·两便士、英国陆军军官詹姆士·布鲁内尔、以及暴徒帮首领麦斯威尔·罗斯；同时伊薇从骑士团夺回的文件发现该伊甸碎片乃赋予持有者复原能力之“伊甸圣裹布”，被藏于白金汉宫地下一密室中，追查过程中除刺杀了圣殿骑士团要员露西·梭恩亦纠正了雅各在其刺杀行动中无意造成的社会问题。

雅各和伊薇因不满各自行动后造成的结果而争吵，在接获亨利报告圣殿骑士团大团长克罗佛特·史塔瑞将前往皇宫夺取圣裹布后决定作最后一次合作并一同潜进皇宫，但史塔瑞抢先到达密室取得圣裹布并因而拥有迅速治愈伤口的能力，雅各和伊薇合力击杀史塔瑞后把圣裹布留在密室内并决定往后继续合作，事后获维多利亚女王封爵。

现代刺客组织前往密室后发现现代圣殿骑士团已捷足先登，尽管进行伏击仍无法阻止骑士团把圣裹布带走；刺客从Abstergo电脑取得之视频显示骑士团欲以圣裹布使第一文明成员复活；藏身于Abstergo网络内之第一文明成员朱诺于幕后操纵现代圣殿骑士团，并透露将利用圣裹布拯救人类。

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